実物やそのノイズの状況がわからないので、的確なアドバイスにはならないかもしれませんが、可能性の一つとして読んでください。
センサー入力のアンプの出力がふらついたり、ノイズらしきものがのっていて、回路やセンサーの方向を変えるとその状況が変わる場合、いくつかの原因の可能性が考えられます。ひとつはRFI整流作用作用による、アンプ入力への誤差電流の注入です。配線やパターンがアンテナとなり、そこにのったRF信号がアンプ入力の差動ペアトランジスタのPNジャンクションにより整流され、内部の誤差電流となって出力に現れるというものです。電波の強さや方向により変わりますので、測定してる場所によって大きく変わります。ちなみにアナログ・ジャパン社は、東京タワーに直線距離2Km以内で、さえぎる高いビルがないので、強力な電波の直撃をうけ、この現象がよく出ます。そのメカニズムについては、添付の資料(すいませんが英文しかありません、500KB)の中ほどのRFI Rectificationをみてください。この現象は、アンプがOPアンプでも計装アンプ(Instrumentation Amp)でも同じように起こります。入力フィルターなどで取り除きますが、RTDだとその構成に工夫が必要だと思います。添付のURLにフィルターの説明が載っています。
もう一つは、もし入力が差動であるとき、入力の反転と非反転入力につながっているケーブルその他の浮遊量量や抵抗、浮遊インダクタンス等のインピーダンスがバランスしていない時に、CMRRの低下によりノイズ特性が劣化する可能性があります。差動入力アンプのCMRRは良好でも、そこへ入ってくる前の段階でCMRRが劣化している可能性もあります。入力回路を整理したら動作がおかしくなったとのことなので、この可能性も捨てきれません。
RFI整流作用のフィルターに関するアプリケーションノート
http://www.analog.com/static/imported-files/jp/application_notes/959137690AN_671.pdf